ในสมัยต่อมาศูนย์กลางความเจริญได้ย้ายมาตั้งอยู่ริมฝั่งแม่น้ำบางปะกงเช่นปัจจุบัน ในสมัยกรุงศรีอยุธยา เรียกว่า "เมืองปราจีน" ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้นก็ยังเรียกว่า "เมืองปราจิณ" หรือ "มณฑลปราจิณ" จวบจนสมัยพระบาท สมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 6 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้จัดระเบียบการปกครองแผ่นดินตามแบบต่างประเทศมณฑลปราจิณได้ถูก ยุบเลิก คงมีฐานะเป็นเพียงหัวเมืองหนึ่ง ต่อมาทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนคำว่าเมืองเป็นจังหวัด จึงมีชื่อเรียกใหม่ว่า จังหวัดปราจีนบุรี